Руководство по секвенированию всего экзома (WES): для пациентов и семей

Ваш врач или генетический консультант мог рекомендовать вам или члену вашей семьи пройти исследование, называемое секвенированием всего экзома (WES). Это руководство подготовлено, чтобы помочь вам узнать больше о WES. Если у вас есть вопросы по информации в этом руководстве, обратитесь к своему врачу или генетическому консультанту.

Генетика

У всех людей почти в каждой клетке организма содержится около 20 000 генов; половину генов мы наследуем от матери, а другую половину — от отца. Гены — это планы (или инструкции), которые управляют всем в нашем организме, включая развитие, рост и здоровье.

Наши гены состоят из ДНК (дезоксирибонуклеиновой кислоты) и организованы в экзоны и интроны. Экзоны — это кодирующие участки гена; они содержат информацию, используемую для синтеза белков, необходимых для нормального роста, развития и функций органов. Интроны — это некодирующие участки гена, и они, как правило, содержат важную информацию о том, когда в процессе развития (например, на ранних сроках беременности или во взрослом возрасте) и в какой части организма (например, в сердце или мозге) должен использоваться ген.

Вся наша генетическая информация, включая интроны и экзоны, называется геномом. Экзоны составляют очень небольшую часть (около 1–2 %) всей нашей генетической информации. Только экзоны вместе называются экзомом.

Экзом каждого человека имеет некоторые отличия от экзома другого человека — это делает каждого из нас уникальным! Однако иногда одно или несколько генетических отличий, генетические варианты, могут препятствовать нормальной работе одного или нескольких генов или приводить к тому, что они работают иначе, чем ожидается. В таких случаях эти генетические варианты приводят к генетическим заболеваниям.

Что такое секвенирование всего экзома?

Большинство генетических вариантов, вызывающих генетические заболевания, находится в экзоме. WES — это исследование, которое за один тест изучает генетическую информацию, содержащуюся в наших 20 000 генах (и многих их экзонах). WES не позволяет надёжно выявлять изменения в некодирующих областях и экспансии повторов; отрицательный результат не исключает генетическую причину. Это отличает его от других генетических тестов, при которых одновременно исследуется только один ген (или несколько генов).

WES выполняется с использованием специальной технологии, называемой секвенированием нового поколения (NGS). Образец ДНК получают из образца крови или слюны пациента. Затем ДНК пациента сравнивают с референсным образцом (образцом, представляющим «нормальную» последовательность ДНК человека) и проверяют наличие каких-либо различий между ДНК пациента и референсной ДНК. Если различия есть, они изучаются специалистами-генетиками лаборатории и врачами-специалистами.

Кому следует пройти WES?

WES можно выполнять во время беременности, в детстве или во взрослом возрасте. Во время беременности WES проводится с генетическим консультированием при наличии структурной аномалии, если кариотип/микрочиповый анализ (микроэррей) не позволил поставить диагноз. По результатам WES могут быть выявлены варианты неопределённой значимости (VUS) и вторичные находки; о каких находках сообщать, выбирается в форме информированного согласия до теста, а генетическое консультирование следует получить до и после теста. Как правило, он выполняется по одной или нескольким из следующих причин:

1. У вас (или у вашего ребёнка) подозревается генетическое состояние
2. Ваши симптомы (или симптомы вашего ребёнка) могут быть вызваны множеством различных генов
3. У вас (или у вашего ребёнка) сложный медицинский анамнез, затрагивающий множество органов и/или систем организма
4. Вы (или ваш ребёнок) ранее проходили генетическое тестирование, но результаты были нормальными

Кому не следует проходить WES?

WES может не быть идеальным тестом, если у вас или вашего ребёнка состояние, вероятность генетической природы которого низка, либо если у вас или вашего ребёнка имеется генетическое состояние, которое известно или предположительно вызвано одним геном. Поговорите со своим врачом или генетическим консультантом, чтобы узнать, какой тест подходит вам или вашему ребёнку.

Почему стоит выбрать Eurofins Biomnis?

1. 20 лет опыта специализированной лаборатории медицинской биологии, Лион, Франция
2. Тест с аккредитацией ISO 15189
3. Право проводить конституциональные генетические тесты
4. Сертифицированные клинические патологи, специалисты-генетики
5. Владение методами секвенирования в диагностической практике с 2014 года
6. Единственная лаборатория, предоставляющая готовое «под ключ» решение для WES без дополнительной платы
7. Lib Twist, Seq Illumina 2x150 Novaseq 6000. Perf: # 98% at 30x on Refseq + 2 pb, sensibility > 99% (perf checked on GiaB, on refseq target +/-20 pb with >15 Mo pairs reads, and 95% covereged > 10X ). Exome with accreditation ISO 15189, CE-IVD pipeline, data on secured HPD server.

Наши панели WES;

1. Extended oncogenetic panel including breast/ovary and prostate, digestive, pancreatic, kidney, skin, lung and neuroendocrine panels (75 генов): ACD, APC, ATM, BAP1, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CDH1, CDK4, CDKN2A, CDKN2B, CHEK2, DLST, DNMT3A, EGFR, EGLN1, EGLN2, EPAS1, EPCAM, ERBB2, FH, FLCN, GOT2, HNF1B, HOXB13, LZTR1, MAX, MC1R, MDH2, MEN1, MERTK, MET, MITF, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, PALB2, PBRM1, PMS2, POLD1, POLE, POT1, PRKN, PTCH1, PTCH2, PTEN, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RET, RTEL1, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETD2, SLC25A11, SMAD4, SMARCB1, STK11, STN1, SUFU, TERF2IP, TERT, TMEM127, TP53, TSC1, TSC2, VHL, WT1.
2. WES (секвенирование всего экзома)