Руководство по секвенированию всего экзома (WES): для пациентов и семей

Ваш врач или генетический консультант мог рекомендовать вам или члену вашей семьи пройти исследование, называемое секвенированием всего экзома (WES). Это руководство подготовлено, чтобы помочь вам узнать больше о WES. Если у вас есть вопросы по информации в этом руководстве, обратитесь к своему врачу или генетическому консультанту.

Генетика

У всех людей почти в каждой клетке организма содержится около 20.000 генов; половину генов мы наследуем от матери, а другую половину — от отца. Гены — это планы (или инструкции), которые управляют всеми процессами в нашем организме, включая развитие, рост и здоровье.

Наши гены состоят из ДНК (дезоксирибонуклеиновой кислоты) и организованы в экзоны и интроны. Экзоны — это кодирующие участки гена; они содержат информацию, используемую для синтеза белков, необходимых для нормального роста, развития и функционирования органов. Интроны — это некодирующие участки гена, которые обычно содержат важную информацию о том, когда в процессе развития (например, на ранних сроках беременности или во взрослом возрасте) и в какой части организма (например, в сердце или головном мозге) должен использоваться тот или иной ген.

Вся наша генетическая информация, включая интроны и экзоны, называется геномом. Экзоны составляют очень небольшую часть всей нашей генетической информации (около 1-2%). Совокупность только экзонов называется экзомом.

Экзом каждого человека имеет некоторые отличия от экзома другого человека — именно это делает каждого из нас уникальным! Однако иногда одно или несколько генетических различий, называемых генетическими вариантами, могут препятствовать нормальной работе одного или нескольких генов либо приводить к тому, что они работают не так, как ожидается. В таких случаях эти генетические варианты вызывают генетические заболевания.

Что такое полноэкзомное секвенирование?

Большинство генетических вариантов, вызывающих генетические заболевания, находятся в экзоме. WES — это исследование, которое позволяет изучить генетическую информацию, содержащуюся в наших 20.000 генах (и их многочисленных экзонах), в рамках одного теста. WES не позволяет надежно выявлять изменения в некодирующих участках и экспансии повторов; отрицательный результат не исключает генетическую причину. Этим оно отличается от других генетических исследований, при которых одновременно изучают только один ген (или несколько генов).

WES выполняется с использованием специальной технологии, называемой секвенированием нового поколения (NGS). ДНК выделяют из образца крови или слюны пациента. Затем ДНК пациента сравнивают с референсным образцом (образцом, представляющим «нормальную» последовательность ДНК человека), чтобы определить, имеются ли какие-либо различия между ДНК пациента и референсной ДНК. Если различия обнаружены, их анализируют специалисты по лабораторной генетике и врачи-специалисты.

Кому следует пройти WES?

WES можно проводить во время беременности, в детском или взрослом возрасте. Во время беременности WES проводится при наличии структурных аномалий, если кариотипирование и хромосомный микроматричный анализ не позволили установить диагноз, и сопровождается генетическим консультированием. В результате WES могут быть выявлены варианты неопределенного значения (VUS) и вторичные находки; какие именно находки будут сообщены, выбирают в форме информированного согласия до исследования. До и после исследования необходимо пройти генетическое консультирование. Обычно исследование проводится по одной или нескольким из следующих причин:

1. У вас (или вашего ребенка) подозревается генетическое заболевание
2. Ваши симптомы (или симптомы вашего ребенка) могут быть обусловлены множеством различных генов
3. У вас (или вашего ребенка) сложный медицинский анамнез, связанный с поражением многих органов и/или систем организма
4. Вы (или ваш ребенок) ранее проходили генетические исследования, однако их результаты были нормальными

Кому не следует проходить WES?

WES может быть не самым подходящим исследованием, если у вас или вашего ребенка имеется состояние, которое с малой вероятностью имеет генетическую природу, либо генетическое заболевание, которое, как известно или предполагается, вызвано изменением одного гена. Чтобы узнать, какое исследование подходит вам или вашему ребенку, проконсультируйтесь с лечащим врачом или специалистом по генетическому консультированию.

Почему стоит выбрать Eurofins Biomnis?

1. Специализированная лаборатория медицинской биологии с 20-летним опытом работы, Лион, Франция
2. Исследование, аккредитованное по ISO 15189
3. Разрешение на проведение исследований в области конституциональной генетики
4. Сертифицированные специалисты по клинической лабораторной диагностике и генетике
5. Владение методами секвенирования в диагностической практике с 2014 года
6. Единственная лаборатория, предоставляющая комплексное решение для WES «под ключ» без дополнительной оплаты
7. Подготовка библиотек Twist, секвенирование Illumina 2x150 Novaseq 6000. Показатели: # 98% при глубине 30x для Refseq + 2 pb, чувствительность > 99% (показатели проверены на GiaB, для целевых участков refseq +/-20 pb при >15 Mo пар прочтений и покрытии 95% > 10X ). Исследование экзома с аккредитацией ISO 15189, аналитический конвейер CE-IVD, данные на защищенном сервере HPD.

Наши панели WES;

1. Расширенная онкогенетическая панель, включающая панели для молочной железы/яичников и предстательной железы, органов пищеварения, поджелудочной железы, почек, кожи, легких и нейроэндокринных опухолей (75 генов): ACD, APC, ATM, BAP1, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CDH1, CDK4, CDKN2A, CDKN2B, CHEK2, DLST, DNMT3A, EGFR, EGLN1, EGLN2, EPAS1, EPCAM, ERBB2, FH, FLCN, GOT2, HNF1B, HOXB13, LZTR1, MAX, MC1R, MDH2, MEN1, MERTK, MET, MITF, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, PALB2, PBRM1, PMS2, POLD1, POLE, POT1, PRKN, PTCH1, PTCH2, PTEN, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RET, RTEL1, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETD2, SLC25A11, SMAD4, SMARCB1, STK11, STN1, SUFU, TERF2IP, TERT, TMEM127, TP53, TSC1, TSC2, VHL, WT1.
2. WES (полноэкзомное секвенирование)

*Нажмите, чтобы получить общую информацию об исследовании WES.

**Нажмите, чтобы узнать, почему для проведения WES стоит выбрать лабораторию Biomnis.