Οδηγός για την Αλληλούχιση Ολόκληρου του Εξωμώματος (WES): Για ασθενείς και οικογένειες

Ο γιατρός ή ο γενετικός σύμβουλός σας μπορεί να σας πρότεινε να κάνετε εσείς ή κάποιο μέλος της οικογένειάς σας μια εξέταση που ονομάζεται Αλληλούχιση Ολόκληρου του Εξωμώματος (WES). Ο οδηγός αυτός έχει ετοιμαστεί για να σας βοηθήσει να μάθετε περισσότερα για την WES. Αν έχετε ερωτήσεις σχετικά με τις πληροφορίες αυτού του οδηγού, απευθυνθείτε στον γιατρό ή στον γενετικό σας σύμβουλο.

 

Γενετική

Σε όλους τους ανθρώπους, σχεδόν κάθε κύτταρο του σώματός μας περιέχει περίπου 20.000 γονίδια· το ένα μισό των γονιδίων μας το κληρονομούμε από τη μητέρα μας και το άλλο μισό από τον πατέρα μας. Τα γονίδια είναι τα σχέδια (ή οι οδηγίες) που ελέγχουν τα πάντα στο σώμα μας, συμπεριλαμβανομένων της ανάπτυξης, της αύξησης και της υγείας μας.

Τα γονίδιά μας αποτελούνται από DNA (δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ) και είναι οργανωμένα σε εξόνια και εσώνια. Τα εξόνια είναι οι κωδικές περιοχές του γονιδίου· περιέχουν τις πληροφορίες που χρησιμοποιούνται για την παραγωγή των πρωτεϊνών που είναι απαραίτητες για την κανονική αύξηση, ανάπτυξη και λειτουργία των οργάνων. Τα εσώνια, αντίθετα, είναι οι μη κωδικές περιοχές του γονιδίου και συνήθως περιέχουν σημαντικές πληροφορίες για το πότε κατά την ανάπτυξη (π.χ. στην πρώιμη εγκυμοσύνη ή στην ενήλικη ζωή) και σε ποιο μέρος του σώματος (π.χ. στην καρδιά ή στον εγκέφαλο) πρέπει να χρησιμοποιηθεί ένα γονίδιο.

Το σύνολο της γενετικής μας πληροφορίας, συμπεριλαμβανομένων των εσωνίων και των εξονίων, ονομάζεται γονιδίωμα. Τα εξόνια αποτελούν ένα πολύ μικρό μέρος της συνολικής γενετικής μας πληροφορίας (περίπου 1-2%). Μόνο τα εξόνια αποτελούν το εξώμα.

Το εξώμα όλων των ανθρώπων παρουσιάζει κάποιες διαφορές σε σχέση με το εξώμα ενός άλλου ατόμου – αυτό μας κάνει όλους μοναδικούς! Ωστόσο, μερικές φορές μία ή περισσότερες γενετικές διαφορές, δηλαδή γενετικές παραλλαγές, μπορεί να εμποδίσουν τη φυσιολογική λειτουργία ενός ή περισσότερων γονιδίων ή να την κάνουν να διαφέρει από την αναμενόμενη. Σε αυτές τις περιπτώσεις, οι γενετικές παραλλαγές οδηγούν σε γενετικά νοσήματα.

 

Τι είναι η αλληλούχιση ολόκληρου του εξωμώματος;

Οι περισσότερες γενετικές παραλλαγές που προκαλούν γενετικά νοσήματα βρίσκονται στο εξώμα. Η WES είναι μια εξέταση που μελετά, με μία μόνο εξέταση, τη γενετική πληροφορία που περιέχουν τα 20.000 γονίδιά μας (και τα πολλά εξόνιά τους). Η WES δεν μπορεί να ανιχνεύσει αξιόπιστα τις μη κωδικές περιοχές και τις επεκτάσεις επαναλήψεων· ένα αρνητικό αποτέλεσμα δεν αποκλείει γενετική αιτία. Αυτό διαφέρει από άλλες γενετικές εξετάσεις, στις οποίες εξετάζεται κάθε φορά μόνο ένα γονίδιο (ή λίγα γονίδια).

Η WES πραγματοποιείται με μια ειδική τεχνολογία που ονομάζεται αλληλούχιση νέας γενιάς (NGS). Συλλέγεται δείγμα DNA από δείγμα αίματος ή σάλιου του ασθενούς. Το DNA του ασθενούς συγκρίνεται στη συνέχεια με ένα δείγμα αναφοράς (δείγμα που αντιπροσωπεύει την «κανονική» αλληλουχία του ανθρώπινου DNA), για να διαπιστωθεί αν υπάρχουν διαφορές ανάμεσα στο DNA του ασθενούς και στο DNA αναφοράς. Αν υπάρχουν διαφορές, εξετάζονται από εξειδικευμένους γενετιστές εργαστηρίου και εξειδικευμένους ιατρούς.

 

Ποιοι πρέπει να κάνουν WES;

Η WES μπορεί να γίνει κατά την εγκυμοσύνη, στην παιδική ηλικία ή στην ενήλικη ζωή. Κατά την εγκυμοσύνη, η WES πραγματοποιείται με γενετική συμβουλευτική όταν υπάρχει δομική ανωμαλία και ο καρυότυπος/η μικροσυστοιχία (microarray) δεν θέτει διάγνωση. Η WES μπορεί να αναδείξει παραλλαγές αβέβαιης σημασίας (VUS) και δευτερεύοντα ευρήματα· ποια ευρήματα θα αναφερθούν επιλέγεται στο έντυπο συγκατάθεσης πριν από την εξέταση και πρέπει να λαμβάνεται γενετική συμβουλευτική πριν και μετά την εξέταση. Συνήθως γίνεται για έναν ή περισσότερους από τους ακόλουθους λόγους:

1. Υπάρχει υποψία γενετικής πάθησης σε εσάς (ή στο παιδί σας)
2. Τα συμπτώματά σας (ή τα συμπτώματα του παιδιού σας) μπορεί να οφείλονται σε πολλά διαφορετικά γονίδια
3. Έχετε (ή έχει το παιδί σας) σύνθετο ιατρικό ιστορικό που επηρεάζει πολλά όργανα και/ή συστήματα του σώματος
4. Έχετε κάνει (ή έχει κάνει το παιδί σας) στο παρελθόν γενετική εξέταση, αλλά τα αποτελέσματα ήταν φυσιολογικά

 

Ποιοι δεν πρέπει να κάνουν WES;

Η WES μπορεί να μην είναι η ιδανική εξέταση αν υπάρχει μια πάθηση που είναι απίθανο να είναι γενετική σε εσάς ή στο παιδί σας, ή αν υπάρχει μια γενετική πάθηση που είναι γνωστό ή πιθανό ότι προκαλείται από ένα μόνο γονίδιο σε εσάς ή στο παιδί σας. Μιλήστε με τον γιατρό ή τον γενετικό σας σύμβουλο για να μάθετε ποια εξέταση είναι κατάλληλη για εσάς ή για το παιδί σας.

 

Γιατί να επιλέξετε την Eurofins Biomnis;

1. 20 χρόνια εξειδικευμένου εργαστηρίου ιατρικής βιολογίας, Λυών, Γαλλία
2. Εξέταση με διαπίστευση ISO 15189
3. Εξουσιοδότηση για τη διενέργεια συνταγματικών γενετικών εξετάσεων
4. Πιστοποιημένοι κλινικοί παθολογοανατόμοι, ειδικοί γενετιστές
5. Άριστη γνώση των τεχνικών αλληλούχισης στις διαγνωστικές εφαρμογές από το 2014
6. Το μοναδικό εργαστήριο που παρέχει λύση «με το κλειδί στο χέρι» για WES χωρίς πρόσθετη χρέωση
7. Lib Twist, Seq Illumina 2x150 Novaseq 6000. Perf: # 98% at 30x on Refseq + 2 pb, sensibility > 99% (perf checked on GiaB, on refseq target +/-20 pb with >15 Mo pairs reads, and 95% covereged > 10X ). Exome with accreditation ISO 15189, CE-IVD pipeline, data on secured HPD server.

 

Τα πάνελ WES που διαθέτουμε·

1. Extended oncogenetic panel including breast/ovary and prostate, digestive, pancreatic, kidney, skin, lung and neuroendocrine panels (75 genes): ACD, APC, ATM, BAP1, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CDH1, CDK4, CDKN2A, CDKN2B, CHEK2, DLST, DNMT3A, EGFR, EGLN1, EGLN2, EPAS1, EPCAM, ERBB2, FH, FLCN, GOT2, HNF1B, HOXB13, LZTR1, MAX, MC1R, MDH2, MEN1, MERTK, MET, MITF, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, PALB2, PBRM1, PMS2, POLD1, POLE, POT1, PRKN, PTCH1, PTCH2, PTEN, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RET, RTEL1, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETD2, SLC25A11, SMAD4, SMARCB1, STK11, STN1, SUFU, TERF2IP, TERT, TMEM127, TP53, TSC1, TSC2, VHL, WT1.
2. WES (Αλληλούχιση Ολόκληρου του Εξωμώματος)